Застосування тематичних комп’ютерних онтологій в основі медичних інформаційних систем забезпечує реалізацію таких процесів як структурування та систематизація інформації, інтеграція розподілених інформаційних моделей та систем на основі використання семантичних властивостей, агрегація різноформатних інформаційних ресурсів, візуалізація необхідної інформації та перетворення процесу пошуку знань на сучасну технологію доступу до обраної області досліджень.